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二茂鐵產物的分離可分為兩步:產物的粗分離和產物的提純精制。粗分離可根據體系性質選取方法。體系溶劑為低沸點時可選用低溫蒸發溶劑的方法,若溶劑為高沸點時可選用蒸餾法,有機溶劑萃取法、稀酸水溶液沉淀分離法或用一次結晶法。常用的有機溶劑有:乙醚、石油醚、乙醇、苯、戊烷、環己烷等。常用的沉淀劑有:稀鹽酸或稀硫酸冰水混合物、氯化銨水溶液等。粗分離后的產品純度有時可達95 %以上,但作為終產品一般還需進一步提純。提純精制二茂鐵常用的方法有水蒸汽蒸餾、真空升華、重結晶和色層分離。一般水蒸汽蒸餾法用得較多,其設備簡單,原料價廉易得,產品純度較高。不足之處是費時,能耗高,且產品有部分損失。色層分離法需要大量的氧化鋁和溶劑,且分離速度慢,生產廠家不適用。重結晶法以前用得較多,但得到的產品純度不夠。20 世紀80 年代,有人用苯作為重結晶溶劑,并結合升華、蒸發方法得到了較高純度的二茂鐵。真空升華能得到高純度的產品,但在升華中,產品浪費多,且需要復雜的設備。